办理特病药房手续，首先需要由医生确诊患者患有特种疾病，并出具相关诊断证明。然后，患者需要携带身份证、社保卡、诊断证明等材料前往当地社保局或医保办进行申请。

申请过程中可能需要填写一些表格，如特病病种待遇资格申请表等。提交申请后，社保局或医保办会进行审核，审核通过后，患者就可以获得特病病房的相关待遇了。需要注意的是，不同地区的办理流程可能会有所不同，具体可以咨询当地社保局或医保办了解详细信息。