1、如果是因为药店违反了药品管理等相关法律法规或是药品质量存在问题，可以拨打食品药品监督管理局12331热线投诉。

2、如果与药店产生消费纠纷或者身为消费者的权益被侵害，可以拨打工商行政管理部门12315热线投诉。

如不属于以上情形，确实不知道具体投诉到哪个部门，建议你可将问题投诉到当地消委会，他们会给你具体指引。