是所得税前扣除的。

因为根据《中华人民共和国个人所得税法》第四十四条规定，支付的维修费、保险金和赔偿金等支出中的全部合理部分可以在计算税前扣除，但需要在所得税申报时进行证明。

因此，运输企业在支付交通事故赔款时可以先扣除所得税前的金额后再计算应纳个人所得税部分。

此外，如果运输企业所得款项已经缴纳了个人所得税，可以在纳税申报时申请退税。

请注意，以上仅为一般情况下的解释。

具体税务问题需要根据当地税务规定进行判断。