北京市大兴线清源路站和北京市房山线长阳站距离最远。

因为这两个站离市中心较远，地理位置都在北京市的偏远地区。

清源路站位于北京市大兴区，北都城高速公路以东，距离市中心20公里左右；长阳站位于北京市房山区，靠近北京市与河北省的交界处，距离市中心约24公里。

此外，这两个站的周边环境也相对较为荒凉，交通不便，是北京市内地铁站距离较远的代表。