长春护国般若寺得名于清朝光绪二十年（1894年）辛亥革命前，当时寺院内的僧人积极参与反对外来侵略的抗日救国运动，成为辽东抗日的重要基地之一。

为了表彰寺院的贡献，时任辽东总兵的刘步蟾将寺院更名为“护国般若寺”，寺名中的“护国”二字也象征着寺院的抗日精神和爱国情怀。

后来，在中国的革命和建设历程中，长春护国般若寺也成为了重要的民族文化和宗教遗址。