直飞澳门和从珠海过关区别在于价钱不同，时间不同。

1、价钱不同：直飞澳门基本价钱在300到500人民币，从珠海过关到澳门，只要准备港澳通行证，并且有澳门签注(一次15元)，在签注有效期内前往，可以停留7天。

2、时间不同：直飞澳门基本时常要2到3个小时，从珠海过关到澳门只需要15到30分钟。