不能直接结算。

河南商丘的新农合和江苏门诊透析的医保政策并不在同一个地区，不能直接互相结算。

需要通过跨省异地就医结算的方式进行报销。

跨省异地就医需要先在所在地的社保机构办理备案手续，然后在就医地医院进行结算，并提供相关证明材料，最后由就医地的社保机构审核并报销费用。

因此，如果需要在异地就医，需要提前了解当地的医保政策并进行备案手续，以避免不必要的麻烦。