要查询北京医保卡由哪个机构发放，可以采取以下几种方式：

线上查询：可以登录北京市医疗保障局官方网站（http://ybj.beijing.gov.cn/），在“便民查询”栏目下，选择“医保卡发卡进度查询”，输入自己的身份证号码，即可查询到医保卡的发放进度。

电话查询：拨打北京市医保咨询电话（010-12333），根据语音提示进行查询。

现场查询：携带有效身份证件到北京市各社保经办机构进行现场查询。

通过以上方式，可以查询到自己的医保卡由哪个机构发放，以及具体的发放进度。