摩托车过户费用应该由乙方承担。根据交通规定，过户责任一般由购车一方承担，因为过户需要进行车辆所有权变更登记、交通管理部门审核等手续，所以费用由乙方承担较为合理。当然也可以双方商议由双方共同分担费用。总之，要确保过户费用的支付方式在买卖双方之间达成一致，并且在过户手续提交时进行统一处理。