羊肚菌菌种的分离可以使用干的或新鲜的方法。干的分离需要将干燥的羊肚菌重水浸泡并用消毒的工具打碎，然后在无菌条件下接种到培养基上。

新鲜的分离则需要直接从采摘到的羊肚菌中挑选健康的组织样本，用消毒的工具打碎并接种到培养基上。选择使用哪种方法还要考虑到实验室条件以及需要的菌种数量和纯度等因素。